Utworzenia samodzielnej placówki duszpasterskiej w górnym Sopocie domagali się od dawna wierni należący do parafii Gwiazdy Morza, którzy mieszkali w tej części miasta. Dotarcie do kościoła parafialnego, usytuowanego w centrum Sopotu, było uciążliwe dla osób starszych i dla rodzin z dziećmi, a konieczność przechodzenia przez dwa ruchliwe skrzyżowania stwarzała zagrożenie, zwłaszcza dla dzieci uczęszczających na katechezę.

W 1981 roku grupa wiernych, mieszkańców górnego Sopotu, przy poparciu księdza proboszcza Edwarda Brzozowskiego, udała się do Biskupa Gdańskiego Lecha Kaczmarka z pisemną prośbą, podpisaną przez 2000 osób, o utworzenie w tej części miasta nowej parafii. Powołano również Komitet Budowy Kościoła, aby wesprzeć starania władz kościelnych. Najważniejsze było uzyskanie terenu pod budowę kościoła. Ostatecznie, w zamian za odstąpienie miastu części terenu należącego do parafii Gwiazdy Morza (w miejscu tym stoi obecnie pomnik ku czci pomordowanych w czasie II wojny światowej mieszkańców Sopotu), otrzymano działkę w górnym Sopocie, położoną na wzgórzu przyległym do lasu. Opracowanie projektu koncepcyjnego świątyni wraz z zapleczem Kuria Biskupia w Gdańsku zleciła architektom: Andrzejowi Kohnke i Januszowi Wieczorkiewiczowi; projekt konstrukcyjny wykonał Andrzej Muziński. 2 lutego 1983 roku erygowana została parafia świętego Bernarda, a jej proboszczem został ks. Zygmunt Toboła.

Pierwszym zadaniem było wybudowanie tymczasowej Kaplicy. W realizacji tego zamierzenia z pomocą nowej wspólnocie przyszła parafia Matki Bożej Różańcowej z Gdańska Przymorza, która przekazała do Sopotu materiały budowlane z rozbiórki starej plebani.

Do budowy przystąpiono w maju 1983 roku, a już w sierpniu tego samego roku kaplica była gotowa. 21 sierpnia 1983 roku, w uroczystość patrona parafii, Biskup Lech Kaczmarek dokonał poświęcenia i odprawił w niej pierwszą Mszę Świętą, a także poświęcił pamiątkowy krzyż misyjny i plac pod budowę świątyni. We wrześniu 1983 roku rozpoczęto zarówno w kaplicy, jak i w pomieszczeniach przylegających katechizacje dzieci i młodzieży.

W początkowym okresie pomocą duszpasterską śpieszyli księża z macierzystej parafii Gwiazdy Morza; ks. Kanonik dr Jerzy Zaremba i ks dr Kazimierz Kloskowski, a także ks. Bolesław Kobierski, emerytowany kapłan z diecezji częstochowskiej, mieszkający w Sopocie.

W 1984 roku wspólnota świętego Bernarda przystąpiła do budowy kompleksu parafialnego, w skład którego wchodziły: kościół, dom katechetyczny i dom parafialny. Budowę rozpoczęto od części katechetycznej oraz fundamentów pod kościół.28 września 1986 roku odbyła się uroczystość poświęcenia pomieszczeń domu katechetycznego oraz wmurowania aktu erekcyjnego pod budowę kościoła, której przewodniczył Biskup Gdański Tadeusz Gocłowski. Budowa świątynia stała się elementem inspirującym wiernych, którzy w miarę upływu czasu coraz bardziej czuli się z nią związani. Budowę nadzorował inż. Henryk Stachura, praktycznie zaś na budowie kierował majster Ryszard Kucharski: sprawy związane z księgowością prowadziła pani Stefania Woś.

Budowa trwała pięć lat. 13 października 1991 roku Biskup Tadeusz Gocłowski konsekrował świątynię. Niezwykle uroczo położony kościół świętego Bernarda, którego sylwetka mistrzowsko wkomponowana została w naturalny krajobraz, jeszcze bardziej zachwyca wyposażeniem swego wnętrza. Autorem całości projektu w tym wielce wymownej rzeźby Chrystusa w chwili po śmierci, a w czasie zmartwychwstania – jest krakowski artysta dr Maciej Zychowicz. Stacje Drogi Krzyżowej zaprojektowała i wykonała prof. Janina Schmidt. Ostatnim etapem budowy, do którego przygotowywano się przez dwa lata, był dom parafialny.

W roku 2000 parafia otrzymała tzw. „świątki” z ołtarza papieskiego z sopockiego Hipodromu. Pieta została umieszczona w kapliczce, a figury św. Jana Nepomucena, św. Sebastiana i św. Weroniki otrzymały stosowne zadaszenia i ogrodzenia. W roku 2001 zainstalowano ogrzewanie podłogowe w kościele i kaplicy oraz zakupiono nowe 54–głosowe organy elektroniczne.

W roku 2003 wierni uroczyście świętowali 20-lecie powstania parafii, co zbiegło się z 850. rocznicą śmierci św. Bernarda. Z tej okazji parafianie otrzymali z Watykanu błogosławieństwo podpisane przez Ojca Świętego Jana Pawła II.

Parafia czterokrotnie, bo w latach 2004, 2007, 2010 i 2011, była gospodarzem nabożeństw w ramach Tygodnia Powszechnej Modlitwy o Jedność Chrześcijan. W grudniu 2005 roku odbyły się Misje Święte z okazji peregrynacji wizerunku Jezusa Miłosiernego. 15 lipca 2007 roku obchodził złoty jubileusz kapłaństwa ksiądz infułat Wiesław Lauer.

Srebrny jubileusz parafii wierni obchodzili 2 lutego 2008 roku pod przewodnictwem Metropolity Gdańskiego Arcybiskupa Tadeusza Gocłowskiego. List do parafian skierował także Prezydent RP Lech Kaczyński, który przed wyborem na urząd należał do tutejszej wspólnoty. Na tę okoliczność parafia otrzymała błogosławieństwo podpisane przez Ojca Świętego Benedykta XVI. W Wielki czwartek tegoż roku troje parafian – Jan Babiński oraz Elżbieta i Andrzej Mellerowie – podczas Mszy św. w archikatedrze otrzymało Krzyż „Pro Ecclesia et Pontifice” za szczególny wkład w życie parafii w ciągu 25 lat jej istnienia.

10 kwietnia 2010 roku w katastrofie pod Smoleńskiem zginęli tutejsi parafianie: Lech i Maria Kaczyńscy. Przez rok, każdego miesiąca, odprawiana była Msza św. w intencji ofiar katastrofy. 6 kwietnia 2011 roku z okazji 1. rocznicy katastrofy pani Marta Kaczyńska w naszym kościele odsłoniła tablicę pamiątkową autorstwa Magdaleny Schmidt-Góra.

2 kwietnia 2012 roku – w rocznicę „narodzin dla nieba” Jana Pawła II – z udziałem Metropolity Gdańskiego Arcybiskupa Sławoja Leszka Głódzia do kościoła zostały uroczyście wprowadzone relikwie Błogosławionego. Relikwie w postaci kropli krwi parafia otrzymała z Postulacji beatyfikacji i kanonizacji z certyfikatem podpisanym przez postulatora ks. Sławomira Odera.

2 lutego 2013 roku w 30. rocznicę powstania parafii do kościoła zostały wprowadzone dodatkowe relikwie św. Bernarda, które przechowywane są w przenośnym relikwiarzu.

5 grudnia 2015 roku parafianie gościli symbole Światowych Dni Młodzieży: Krzyż i ikonę Matki Bożej. W dniach 20 – 25 lipca 2016 roku na terenie naszej parafii przebywała prawie 50-osobowa grupa młodzieży ze Stanów Zjednoczonych, która w archidiecezji gdańskiej przeżywała pierwszy etap Światowych Dni Młodzieży – Kraków 2016.

Księża dotychczas pracujący w naszej parafii